组织经媒剂的透明作用之后，移入熔化的石蜡内浸渍，石蜡逐渐浸入组织间隙，取代透明剂，这一程序就叫浸蜡。根据所用石蜡的熔点，浸蜡需要能够保持于54－60.C温箱内进行。石蜡的质量和熔度与切片质量密切相关，因此对石蜡的选择应以注意。
用作浸蜡的石蜡不应含有尘粒，杂质及其他异物，不含水分，质地均匀成半透明状，触之感觉滑而不腻，结晶及颗粒少。石蜡中如有水分会结晶而变为白斑可用加热搅拌的方法除去。所有的蜡在使用前按常规必须用标准滤纸在漏斗内过滤到搪瓷杯里储存于浸蜡箱中。最好将石蜡于小锅中加热煮至近沸，冷却再煮反复数次后空气可以排除，挥发性油脂类在煮的过程中挥发。处置后的石蜡置于恒温箱中保持液体状态备用。所用的石蜡有一定的熔点和硬度，熔点高，硬度大。一般要求在52－56℃之间，这既可以支持硬组织也可使切片成条。使用时应根据组织类型以及制片时的温度和气候而异。夏季采用高熔点的石蜡，冬季则采用低熔点的石蜡。
石蜡的熔点越低，其质地相应的较为疏松。硬蜡（熔点60℃）用于硬纤维组织。软蜡用于胎儿和乳腺组织，这些尽为研究工作的需要。为了增加石蜡的韧性，可在石蜡中加入一些混合剂，常用蜂蜡，硬脂酸，松香等。
1.蜂蜡：又叫黄蜡，是蜜蜂用来造巢的淡黄色蜡，熔点在54℃左右，质地柔软，滑润有韧性。为了使低熔点的石蜡硬一些，可加入10－20％的蜂蜡。它能增加蜡的熔点而不必使组织浸在高温内，便于切片。也要根据组织的种类而异，一般常规用量不超过5％为度。
2.硬脂酸：为有光泽的白色片状结晶体，不溶于水，而溶于乙醇，醚和氯仿。熔点64－71％，在浸蜡中加入少量的硬脂酸可增加石蜡的渗透性。有人用硬脂酸和石蜡混合液置于温箱中代替二甲苯透明。
3.松香：为棕黄色半透明的固体。质硬而脆，遇热熔解，呈胶体状，同石蜡混合时，可增加石蜡的硬度，由于松香质脆，混合后可增加硬度但韧性不足。
组织浸蜡时间也应视组织种类大小和结构不同而异。在整个浸蜡过程中，标本大小对完成浸蜡所需的时间有很大影响。较厚的组织需要较长时间才能使蜡浸入中心，而且厚的组织常带入的透明剂比较多，故需要多次浸蜡才能将透明剂除去。即使少量透明剂也会沾污石蜡而产生结晶，致使切片时切片易碎裂。也要考虑组织的种类，骨，皮肤和中枢神经系统等致密组织要比软组织如肝肾等需要加倍时间。含血多的组织，肌肉和纤维束在蜡内易过硬而发脆，故浸蜡时间应缩短。疏松组织，脂肪，消化道组织等浸蜡时间可以适当延长一些。为了尽可能排除透明剂，浸蜡可以分两级或三级进行。以熔点较低的软石蜡作为第一步，然后再换为熔点较高的石蜡作为第二步，第三步。浸蜡时间1－4小时，或更长，并使之过夜则较易切割，如此浸渍的组织切片在干燥箱内干燥也不易卷曲和龟裂。
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