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核酸序列分析软件DNAssist小教程

作者:   来源:  时间: 2007-06-01 字体: [ ]

DNAssist可不仅仅是对测序结果的。它处理我们平常需要的一些关于DNARNA和蛋白质的基本数据,对表达非常有帮助。这里用一个例子来说明它的功能。主要演示①对测序报告(序列比对);②DNA的物化性质、限制性酶切位点图谱分析;③分析蛋白质的物化性质、抗原性、疏水性。

1. 安装好DNAssist1.0后,从开始/程序中打开这个软件。

.打开后的界面如图。

 

3. 现在我们来进行一个序列比对(Align)。我常这样对比测序报告;或看某个基因在融合蛋白基因的哪个位置等。这里说对测序结果。建立一个新的DNA序列,即file/new/DNA。然后把预期的DNA序列(如AB-CTB)拷进去。注意:只能是纯粹的ATGC,而不能有空格和其他字母,否则不能拷贝进去!

 

4.再同样新建一个DNA序列,把测序结果拷贝进去(自动编为sequence 0)。也要注意同上!因为测序结果里面有N,必须把这些N去掉,一个不剩,否则拷不过去!如果觉得好长的结果里面才有一个N而舍不得把序列都删掉的话,就把它换成ATGC中的一个就可拷贝了,不过要自己记住。

5.序列比对。用工具栏Analyze/Align...命令,出现Align sequences 窗口。将这两个序列的名称都点一下,选中,然后单击Align。

6. 哇!怎么这样啊!这么多没有对上?!再去看测序结果和原来从NCBI上找到的序列对不对……原来是用的反向测序,我们需要用反向互补序列来对结果。

 

7. 将测序结果(sequence 0)全部选中,用Convert/Reverse-complement(反向互补)命令把它换过来。

8. 然后再进行Analyze/Align……紫红色部分都是序列相同的。前面是几个是先头几个测序不太准的,不管它。中间有一个C变成了A,是我做的突变。

9. 再说DNAssist其他功能。一个是找开放阅读框(ORF)。用Analyze/Find ORF……命令可以找到阅读框。它从第一个ATG开始找,到遇见一个终止密码子为止。点Find next可以挨个找,点几下就什么都明白了。

 

10.分析DNA物化性质。用Analyze/Properties/Physicochemical命令,出现如下窗口。我们可以知道序列长度为441bp,ATGC各有几个,GC含量37%,单、双链时的分子量,退火温度等。

11. 酶切位点分析。这可是个十分重要的功能。用Analyze/Restriction mapping命令,出现Restriction enzymes 窗口。这里列举了他们知道的所有酶切位点。你可以选择其中你知道的所有酶(尤其是可能用到的酶,还是要多些),以免以后的结果中显示了太多的酶切位点而令人目眩。确定。

12. 这里将结果用两种方法显示。一种是简捷的Graphic Map。一种是详细的Restriction map。后者不但列出酶切位点在双链DNA的哪个位置,还能够列出相邻酶的酶切片段的长度和起止位置,以及出现和没有出现的酶切位点。都可以打印下来。

 

13. DNAssist还有个很绝的功能,分析质粒序列时可用Convert/Circularize命令将它环化后分析,就不会漏掉酶切位点了。

14. 还可以做简单的蛋白质分析。我们把刚才的那个AB-CTB序列用Convert/DNA→protein命令转化为蛋白质序列。

15.用Analyze/Properties/Physicochemical命令分析可以知道分子量16kD、氨基酸组成、等电点等物化性质。

16.还可以用Analyze/Properties/Antigenicity 和Analyze/Properties/Hydrophobicity分析蛋白质的抗原性和疏水性。


 


 


 


 


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