动力学系列之七－同源模建

最近去听了几场embo, 觉得自己还是有很多地方需要提高啊，而且今年的embo的特色很突出，可能代表了当今的潮流吧，等embo结束，我写一个自己的感受，大家分享。动力学里面核心是生物大分子，当然有NMR和X-RAY最好，如果没有，就需要同源模建技术来构建蛋白。同源模建技术在90年代风靡一时，简单的模建在一些高档次的文章中独撑一面，2000年以来，随着技术的成熟和应用的广泛，这项技术逐渐成为一个基本工具出现在各种文献中。同源模建是一个根据模板蛋白将一级序列转成3D结构的技术总称，包括了threading和homology两种，当让后来发展的fugue啊，geneatlas等等都是以次为基础。在这两种中，又以后者重要（因为简单而且准确性高），在很多软件中都提供了相应的功能，做的最好的商业软件是INSIGHTii和modeller（这个非常傻瓜，但是结果的可控制性不高）, 免费的有spdbvierwer和一些在线服务器.。如果买了这个软件的朋友一定首选insightII做，因为审稿人很偏爱这个；没有买的朋友最好的方法是找买了的单位合作（D版发文章会给你的导师和单位带来很多麻烦），如果找不到，只好用spdbviewer了，但是这样的结构最好不要发在纯计算的杂志上，被拒的危险很大。说了这么多废话，我这次主要介绍INSIGHTii的用法和一些使用细节：

1. insightII
最强大的同源模建软件（前提是你看了所有的manual，理解了各种算法和参数的意义），可以进行各种模建和验证预测。主要分以下几个步骤：

a. input sequence，alignment（pariwise and multi alignment，主要是对类似结构要很好了解，manual的排列原则写的非常好，建议大家仔细看）

b. refine （我个人使用的笔记）

1. Check and correct potentials, partial charges, and hydrogens before submitting a Discover/CHARMm job.

① Builder from the Module pulldown

② For hydrogens, use the Hydrogen command in the Modify pulldown

③ Potential atom types and partial charges, use the commands in the Forcefield pulldown.

2. Check and correct steric overlaps

① Bump command from the Measure pulldown

② Relieve them by moving atoms with the Torsion command in the Transform pulldown.

3. Find unacceptable steric overlaps caused by one to three interactions or short bond lengths.

① Using the Geometry command in the Modify pulldown in the Builder module.

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