今天是假期的最后一天（不过好像大家都是8号上班了，我们特殊，不过后面是惨痛的10天连续工作），整理一下思路，写一些膜蛋白的模拟，膜蛋白的工作量大，需要进行的准备工作多，做一个膜蛋白相当于两个球蛋白的工作量。我先介绍一下膜蛋白的一些基本概念：
1。膜蛋白－顾名思义，就是存在于细胞膜和细胞核（线粒体膜也有，不过不属于主流，暂时忽略之）双层脂质膜上的大型蛋白质。膜蛋白从拓扑结构可以分为几种，酶（3500个左右），7次跨膜的G偶联受体（2000个左右），离子通道（1000个左右），核的激素受体（150个左右）
2。生物膜膜蛋白可分为外周膜蛋白和内在膜蛋白，后者约占整个膜蛋白的70%～80％，它们部分或全部嵌入膜内，有的则是跨膜分布，如受体、离子通道、离子泵、膜孔、运载体（transporter）以及各种膜酶等等。象水溶性蛋白质一样，要深入了解膜蛋白的功能必须解析它们的三维结构。第一个水溶性蛋白质——肌红蛋白的三维结构的解析是由英国Kendrew于1957年用X射线衍射法完成的，从而使他获得了诺贝尔奖。随着相关技术的日益改进与发展，迄今蛋白质解析出具有原子分辨率的三维结构已达13 000个左右，而且正以2000个/年的速率递增。但是其中内在膜蛋白只有26个左右（根据2000年6月的统计），换言之，仅占所有已经解析出三维结构的蛋白质的0.2%。因此，用MD理解膜蛋白的作用机制也成为2000年后的一个热点。
3。当获得了一个膜蛋白后，该怎么下手那（废话，当然是越快越好，世界上n多个组都瞄着新的膜蛋白那，JMB和PNAS的常客啊），准备过程我简要介绍一下，细节如果大家感兴趣，我今后再详细说一下，不过确实的繁琐啊，我花了两个月时间搞这个东东：
a. 修补残基（这个都知道怎么做了，不说了）
b. 选择合适的膜，膜的种类也是很多的，所以大家不要挑花眼啊(网上有，自己down，我也可以提供一个，呵呵，别人的，不过是我们修改了一点不合理结构的，获得方法, pm我)
c. 把蛋白正确的放到膜里面，去掉重叠部分，打通蛋白内部的通道（最关键的一步，决定了是否可以正确的模拟和结果的可靠性）
d. 膜两侧包水加box
e. MD
第三步是做膜蛋白的精髓，不同的组使用的方法不同，我自己写了一个简单的Interactive的程序，供组里的人使用，这次是第一次发布到外面（dos版，linux或者sgi的，可以pm我），可以非常简单的实现这一步，不要做繁琐的处理，google上可以搜到钾通道的处理方法，8页english, 相当的麻烦，gromacs给了一个命令，但是膜不合适（他给的膜也就适合做demo，缺乏合理性）。当然，即使搞定了上述5步，强大的cpu和足够的硬盘是基本的保障，否则2006年交的作业，2007年可以才能进行分析。
明天EMBO就要开始了，牛人我知道的来了两个，都是做的最前沿的东东，一个是free enregy landscape, 另一个是structrual genomics。去听听，有什么感想后面和大家共享
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