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动力学系列之三－amber应用篇

点击： 作者：dddc_redsnow 来源： 时间： 2007-03-10 　本站论坛

上海的天气真是一天一变啊，又是大雨滂沱了。反正出不去了，索性把amber的第二部分写完，大家周末也有个消遣。
上回说amber的基础应用谈到了他有很多应用的套件，这里我把最常用的以及比较容易发好文章的几个部分讲解以下：
1。首先要说的就是用于药物设计平衡的sander/pmemd，一般来说，用amber作一下平衡是同源模建的重要可选步骤之一，尤其适用于结构不确定性大的loop和缺乏明确模板的地方，当然，如果您要是有macromodel，还是用那个，最近的文章发现申稿人很喜欢那个，可能是因为那个公司比较得到大家的认可吧
2。MMPBSA, 计算自由能的很好选择，KUNZ他们组就喜欢拿这个说事，作为虚筛的终结器。当然了方法的想法是很好的，不过还是有一些缺点的，比如对共轭体系，可极化严重的分子计算结果很不准确。MMPBSA流行的时候只做一个这个旧可以发Protein Sci. 现在基本不可能了，不过还是很好的一个计算自由能的方法，平均半个小时一个分子
3。NMODE，有的朋友问要什么样的分析工具，NMODE绝对是一个可选的东东，具体的原理我不讲了，很简单，矩阵二次求导做频率，底频高幅运动就是它分析的对象，Maccoman他们组只做这个就在JMB上发了无数的文章（人家是开山鼻祖，我们做，呵呵，估计就是BJ也很难啊）
4。Alan扫描：预测突变影响的工具，很粗糙，但是如果你计算资源不是很多的话，这个是推荐的方法。原理没什么可讲的，想用的去看manual，不到1页
5。TMD，我最近做的东西，和什么SMD了，FMD了。。。。一大堆兄弟姐妹啊，不过也快做烂了，可以模拟蛋白大幅运动的过渡态
6。TI。目前公认的计算自由能最好方法，缺点是相当的耗时间，一个师兄做n年，结果发现不适合他的体系，韶华逝水啊，没有时间的朋友千万不要碰
上面的这些方法都是最常用的，也是文章中暴光频率最高，精通2到3个，一个好体系，综合起来，可以冲击JMB或者JACS。呵呵，外面雨终于小了，希望大家看了能有帮助，会一个技术不难，难的是把这个技术用的恰到好处，下次有时间聊聊怎么综合使用各种工具分析问题

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