不是过渡性的，而是在群体内能长久地保持着的一种遗传多态现象。其主要机制是超显性和特殊的频度依存性选择，也就是说存在着等位基因间频度低的一方在选择上是有利的结构。例如超显性等位基因A
和a
，它们可以组成三种基因型AA
，Aa
和aa
，当它们的相对适应度相应地为1
—s
，1
，1
—t
（s
，t
为选择系数，都取正值）时，于平衡状态时A
和a
在群体中的频度各为t/
（s
＋t
）和s/
（s
＋t
）。一般认为由于突变和选择的平衡而使基因频度保持平衡时，平衡频率是很低的，因此这样的现象通常就不称为平衡多态现象。
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