在较早的哺乳动物RNAi实验中，siRNAs是通过化学方法合成的，就像合成引物一样，是应用起来最方便的一种方法，研究人员几乎不需要做什么工作。但是RNA合成成本高，定制周期长，特别是有特殊需求的RNA序列。由于价格比其他方法高出很多，而且设计好的siRNAs中通常只有大约25%的siRNAs能高效抑制基因的表达（抑制效率>80%），一个基因通常合成3—5对siRNAs ，这使得化学合成siRNA的成本更高（就是6—10条siRNAs，一个基因就不少于1500USD）。如果需要重复设计，在国内还有时间上的困扰。现在，多个厂家推出了不同的试剂盒，一个试剂盒可以自行设计合成多个siRNAs,灵活性和可控性都明显提高，不失为一种经济的选择。一般的做法是用先用其他方法筛选出最有效的序列后再进行化学合成。
适用：已经找到最有效的siRNA，接下来需要大量siRNA进行研究
不适用：筛选多个siRNA来进行等长时间的研究
