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  • 原位杂交与荧光原位杂交

  • 点击:    作者:   来源: 日期:2007-04-09    本站论坛

  ⑧膜上放一张3MM滤纸,不能与胶接触。
  ⑨上面加吸印纸及重物(500g左右)。
  ⑩通过滤纸的灶芯作用,平盘中的缓冲液就会通过胶上移,从而将DNA吸印到膜上,及时更换浸湿的吸印纸。在室温下转印过夜。
  ⑾去除上面的东西,用镊了将膜取出,在6×SSC中洗一下(也可不洗)。
  ⑿自然干燥,80℃烤2h。
  ⒀这时的膜就可进行杂交,或室温密封保存。
  4.Northern印迹杂交(Northern blot) 这是一种将RNA从琼脂糖凝胶中转印到硝酸纤维素膜上的方法。DNA印迹技术由Southern于1975年创建,称为Southern印迹技术。RNA印迹技术正好与DNA相对应,故被趣称为Northern印迹杂交,与此原理相似的蛋白质印迹技术则被称为western blot。Northern印迹杂交的RNA吸印与Southern印迹杂交的DNA吸印方法类似,只是在进样前用甲基氧化汞、乙二醛或甲醛使RNA变性,而不用NaOH,因为它会水解RNA的2’-羟基基团。RNA变性后有利于在转印过程中与硝酸纤维素膜结合,它同样可在高盐中进行转印,但在烘烤前与膜结合得并不牢固,所以在转印后不能用低盐缓冲液洗膜,否则RNA会被洗脱。在胶中不能加EB,因它为影响RNA与硝酸纤维素膜的结合,为测定片段大小,可在同一块胶上加标记物一同电泳,之后将标记物胶切下,上色、照像。样品胶则进行Northern转印,标记物胶上色的方法是在暗室中将其浸在含5μg/ml EB的0.1mol/L 醋酸铵中10min,在水中就可脱色。在紫外光下用一次成像相机拍照时,上色的RNA胶要尽可能少接触紫外光,若接触太多或白炽灯下暴露过久,会使RNA信号降低。从琼脂糖凝胶中分离功能完整的mR-NA时,甲基氢氧化汞是一种强力、可逆变性剂,但是有毒,因而许多人喜用甲醛作为变性剂。所有操作均应避免RNase的污染。
  下面介绍RNA甲醛凝胶电泳和吸印方法:
  (1)试剂
  10×MSE缓冲液:0.2mol/L 吗啉代丙烷磺酸(MOPS),pH7.0, 50mmol/L 醋酸钠,1mmol/l EDTA, pH8.0。
  5×样品缓冲液:50%甘油,1mmol/l EDTA, 0.4%溴酚蓝。
  甲醛:用水配成37%浓度(12.3mol/L)。应在通风柜中操作,pH高于4.0。
  去离子甲酰胺。
  50mmol/L NaOH(含10mmol/l NaCl)。
  0.1mol/L Tris·HCl,Ph7.5。
  (2)步骤
  ①40ml水中加7g琼脂糖,煮沸溶解,冷却到60℃,加7ml 10×MSE缓冲液、11.5ml甲醛,加水定容 至70ml,混匀后 倒入盛胶槽。
  ②等胶凝固后,去掉梳子和胶布,将盛胶槽放入1×MSE缓冲液的电泳槽。
  ③使RNA变性(最多20μg):RNa 4.5μl,10×MSE缓冲液2.0μl,甲醛3.5μl,去离子甲酰胺10.0μl。
  ④55℃加热15min,冰浴冷却。
  ⑤加2μl 5×载样缓冲液。
  ⑥上样,同时加RNA标记物。
  ⑦60伏电泳过夜。
  ⑧取出凝胶,水中浸泡2次,每次5min。
  ⑨室温下将胶浸到50mmol/L NaOH和10mmol/l NaCl中45min,水解高分子RNA,以增强转印。
  ⑩室温下将胶浸到0.1mol/L Tris·HCl (Ph7.5)中45min,使胶中和。
  ⑾20×SSC洗胶1h。
  ⑿20×SSC中过夜,转印到硝酸纤维素膜上。
  ⒀取出硝酸纤维膜,80℃真空烘烤2h。



  5.组织原位杂交(Tissue in situ hybridization) 组织原位杂交简称原位杂交,指组织或细胞的原位杂交,它与菌落的原位杂交不同。菌落原位杂交需裂解细菌释出DNA,然后进行杂交。而原位杂交是经适当处理后,使细胞通透性增加,让探针进入细胞内与DNA或RNA杂交。因此原位杂交可以确定探针的互补序列在胞内的空间位置,这一点具有重要的生物学和病理学意义。例如,对致密染色体DNA的原位杂交可用于显示特定的序列的位置;对分裂期间核DNA的杂交可研究特定序列在染色质内的功能排布;与细胞RNA的杂交可精确分析任何一种RNA在细胞中和组织中的分布。此外,原位杂交还是显示细胞亚群分布和动向及病原微生物存在方式和部位的一种重要技术。
  用于原位杂交的探针可以是单链或双链DNA,也可以是RNA探针。通常探针的长度以100~400nt为宜,过长则杂交效率减低。最近研究结果表明,寡核苷酸探针(16~30nt)能自由出入细菌和组织细胞壁,杂交效率明显高于长探针。因此,寡核苷酸探针和不对称PCR标记的小DNA探针或体外转录标记的RNA探针是组织原位杂交的优选探针。
  探针的标记物可以是放射性同位素,也可以是非放射性生物素和半抗原等。放射性同位素中,3H和35S最为常用。3H标记的探针半衰期长,成像分辨率高,便于定位, 缺点是能量低。35S标记探针活性较高,影像分辨率也较好。而32P能量过高,致使产生的影像模糊,不利于确定杂交位点。
  原位杂交中,标本的固定条件是影响杂交效率的重要因素,标本组织蛋白质的消化程度对探针进入细胞极为重要。去除蛋白的方法是,用0.2mol/l HCl处理载玻片,用蛋白酶K消化,然后用不同浓度的乙醇脱水,原位杂交还是一种新技术,发展很快,在敏感性、特异性和稳定性上还需要进一步完善和提高(详见二十章 )。
  6.固相夹心杂交
  Dunn等最早介绍了夹心杂交类型,Ranki等又作了进一步的改进。夹心杂交法比直接滤膜杂交法有两个主要的优点:①样品不需要固定,对粗制样品能做出可靠的检测;②用夹心杂交法比直接滤膜杂交法特异性强,因为只有两个杂交物都杂交才能产生可检测的信号。
  固相夹心杂交需要两个靠近而不互相重叠的探针,一个作固相吸附探针,另一个作标记检测探针。样品基因组内核酸只有使这两个探针紧密相连才能形成夹心结构。需注意的是两个探针必须分别亚克隆进入两个分离的非同源载体内,以避免产生高的本底信号(如一个克隆人Puc19,另一克隆人pBR322)。
  夹心杂交法可用滤膜和小珠固定吸附探针,使用小珠可更好地进行标准化试验和更容易对小量样品进行操作。Dahlen 等利用微孔板进行夹心杂交,可同时进行大量样品检测,他们先吸取DNA探针加到凹板中,然后用紫外线照射使其固定到塑料板上。用微孔板进行夹心杂交还可直接用于PCR技术。应用光敏生物标记探针检测PCR产物的敏感性和用32P标记探针(3×108cpm/μg)作16h放射自显影的Southern杂交的敏感性一样。用微孔板杂交的其它优点还包括同时做多份样品,加样、漂洗和读结果等步骤可以自动化。

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