分子生物学软件
- 点击： 作者：51protocol收集 来源： 日期：2007-03-13 本站论坛
10、格式转换 各种软件为了自己软件的需要有不同的格式，对我们使用数据带来了困难；格式转换软件能帮助用户解决这一问题。推荐软件：Seqverter 1.3 Seqverter 1.3使用简单，填写输入文件和输出文件名就可以完成格式转换。而且能够转换的格式非常之多是其它软件所无法比拟的。另外，它可在线升级以读写更多格式文件。 同类软件：Visual Sequence Editor 1.1 1.可以同时显示编辑多达200个核酸蛋白序列 2.将所有程序打包成一个库文件 3.可以输入输出到很多格式序列： IG/Stanford；GenBank/GB；NBRF；EMBL；GCG；DNA Strider；Fitch；Pieron/FASTA；PIR/CODATA以及普通文本 4.可以直接读取MACAW的文件，并能将各序列中的同源顺序标出 5.根据遗传密码（可以自定义）读出一种或六种阅读框 6.查看的字体大小，字母间隔等灵活可调 7.模糊查找特定序列。
11、电泳图谱分析 推荐软件：band leader 3.0 提供处理DNA或蛋白分子凝胶电泳图象和从凝胶电泳图象获得相关数据的工具。它可以对电泳图谱进行半定量分析，识别扫描得到的WINDOWS图象格式 .BMP，是一个难得的好软件。
三、 实验结果输出阶段
1、生成出版质量的图片 论文发表时，一般分子结构图的质量要求较高，如果直接从RasMol等软件中抓取图片，往往都不够精美。 推荐软件：Pov-Ray for Windows 3.1 Pov-Ray for Windows 3.1 相当于一种语言，它可以修改pov格式文件，用户还可以自己设定光源、摄像机、材质、阴影等因素，把生物分子的表面用材质填充；并根据光源、摄像机得到生物大分子的三维图。分辨率最大可达1280*1024。
同类软件：molmol 2.5.1该软件能将pdb等格式的蛋白文件通过转换，存成普通的图形文件。
2、向数据库递交序列 推荐软件：Sequin 2.90 Sequin 2.90能向GenBank、EMBL、DDBJ三大核酸序列库递交序列。可以不用仔细考虑各数据库文件的具体格式，以问答填表格的形式，将需递交的序列和相关资料填好。可以在线直接发送，也可以生成相应格式文件，以e-mail形式发送。
Annhyb AnnHyb2.22是设计PCR引物和DNA探针的辅助软件。主要功能有： 1.对寡核苷酸序列，计算溶解温度(nearest-neighbour algorithm，可以设定盐浓度和引物浓度), 序列长度、GC百分比,分子量, 摩尔消光系数,IUB/IUPAC序列、反向序列、互补序列。 2.对50个bp以上的序列, 计算长度,GC百分比、不同盐浓度下的溶解温度 3.对长序列可以进行反向互补序列。 4.可以读出序列
Cervus CERVUS 是一个根据共显性资料来推测家系似然性的WINDOWS95程序，它可以用来计算等位基因发生概率，运行模拟系统来判定似然比率的临界值和分析动植物种群中的家系。这种模拟系统还可能应用于评估家系推测中所使用的系列单位点标记物的分辨能力。
Clonemap Clonemap是由CGC公司设计的用于辅助克隆设计的质粒图谱绘制软件。该软件除了能实现质粒图谱的绘制功能以外，还有其他一些辅助功能，如对序列进行翻转，按六个阅读框进行蛋白翻译，寻找开读框，搜索特定序列。 Dicroprot DICROPROT software for Windows Release 2.0 beta 是法国蛋白生化研究所蛋白构象研究室Gilbert Deleage博士编制的用于观察蛋白质圆二色谱的软件，是一个较为小巧、相对较为专业、操作简单的研究辅助工具。
Digest DIGEST 能够扫描DNA序列并查找限制性内切酶位点.它支持使用者限定搜索特定的酶,如果此酶在限制性酶切酶库文件WISCONSI.920中,它会列出酶切位置并对酶切片段按长度排序.它使用Don Gilbert的读序模块UREADSEQ,所以读出大部分的序列文件格式。
DNAMend DNAmend是一名德国人编写的用于对DNA序列进行分析，编辑的专业软件，主要的用途是在基因克隆过程中，利用其提供的对DNA序列的限制性酶切分析，开读框搜索，序列转译，末端修剪等功能对DNA序列进行酶切、连接、末端补平等模拟操作，为克隆流程设计及克隆过程监视提供直观的控制工具，便于对克隆中可能出现的问题进行分析，并可将结果输出用于发表文章。
ISIS DRAW 非常非常棒的化学结构式绘制软件，能绘制各种复杂的化学分子（包括有机大分子）的平面及立体结构，还能绘制复杂的化学反应方程式，是写论文和考试试卷的常备工具。强烈推荐给有关生物化学研究及教学的工作人员。 MatInd 使用MatInd对一组DNA序列或一个核酸分布矩阵进行分析后，能够产生描述转录因子结合位点的矩阵型来。这些矩阵型又可以被MatInspector用来扫描核甘酸序列并找到与之匹配的结合位点。
MatInspector 利用MatInd所生成的矩阵型对核甘酸序列进行扫描并使之与结合位点匹配。在输出文件中包括匹配位置的核心序列、矩阵相似性、具体位置及序列等。
Molgen OLGEN软件包可以根据分子式计算并估计其所有的异构体，MOLGEN为科学和教育在阐明分子的结构组成方面提供了有效方便而廉价的分析工具。MOLGEN结合MOLED和MOLVIEW两个软件，通过描述目的分子包含的亚结构的限制，减少异构体的数量，以便更快的获得目的分子的空间的结构的具体构像；通过MOLVIEW可以计算分子的最稳定合理的立体的结构，并且通过旋转可以从个个角度观察分子的结构情况，和每一个原子的空间的位置。
Mvsp MVSP是一个多变量统计分析软件包。它能进行多种等级特征分析：１，主成分分析（PCA）, 2, 主坐标分析（PCO）, 对应／对应分离趋势分析（CA/DCA）和典型对应分析（CCA）等。 另外，它还可以通过使用20种不同的距离测量或相似测量及７种分族策略进行族分析。分析得到的多样性指数就可以用于生态学数据的计算，这些指数包括辛普森指数，香农信息指数和Brillouin指数。目前这一版本是一个评估版（限时３０天，限次１５次），如果你想继续使用就必须付钱买正式版，价格为$140。
PCMolecule PCMolecule 是观察三维分子结构的软件，能够观察以.mcm格式保存的三维分子。
PCrare PC-Rare是应用八聚体频率出现的不一致性的方法（OFD）来设计PCR的引物，此程序简单而有效。
Promsed ProMSED是一个在Windows 3.11/95下运行的简单易用的程序，通过它能够自动或手动进行蛋白质多序列的比较和编辑。该程序能自动识别以下文件格式：NBRF/PIR、Pearson（Fasta）、EMBL/SwissProt、CLUSTAL和GCG/MSF等，同时它的界面及主要功能与通用的文本编辑语言相似。其中自动比较只对Clustal V 运算法则有效，当使用群体操作或用不同颜色表示不同性质及功能氨基酸时，人工比较和序列可视分析就显得更方便一些。随着目前计算机内存的日益扩大，程序中使用序列的大小及个数都没有什么限制了。更可贵的是ProMSED能够比较全部序列、全部序列中的任何子集和序列中选定的某一区域，并且提供一些用来进行序列分析、可视编辑及以图像展示结果的工具。
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