Outfile用记事本打开如下：
这个文件包括了100个republicate。
打开DNAPARS（最大简约性法）或DNAML（最大可能性法）软件。将刚才生成的outfile文件更名后输入。如下图：
选项O是让使用者设定一个序列作为outgroup。一般选择一个亲缘关系与所分析序列组很接近的序列作为outgroup（本例子不选outgroup），outgroup选择的好坏将直接影响到最后的进化树的好坏。选项M是输入刚才设置的republicate的数目。设置好条件后，键入Y按回车。生成两个文件outfile和treefile。
Outfile打开如下图：
该文件包括了227个进化树。Treefile可以用TREEVIEW软件打开同样包含了这227个进化树。
打开CONSENSE软件，将刚才生成的treefile文件更名后输入。如下图：
键入Y按回车。生成两个文件outfile和treefile。Treefile用TREEVIEW打开，如下图：
Outfile打开如下图：
我们看出两个树是同样的。但在outfile的树上的数字表示该枝条的Bootstrap支持率（除以100.6）。到现在，8个序列的进化树分析（最大简约法）已经完成。
如果要用邻位相连法对这8个序列进行分析的话，也首先执行SEQBOOT软件将这8个序列变成100个republicate。然后，打开DNADIST软件，把SEQBOOT生成的文件输入，如下图：
选项D有四种距离模式可以选择，分别是Kimura 2-parameter、Jin/Nei、Maximum-likelihood和Jukes-Cantor。选项T一般键入一个15-30之间的数字。选项M键入100。运行后生成文件如下图：
这个文件包含了与输入文件相同的100个republicate，只不过每个republicate是以两两序列的进化距离来表示。文件中的每个republicate都省略了第一排的Mo3 Mo5 Mo6 Mo7 Mo8 Mo9 Mo12 Mo13。以这个输出文件为输入文件，执行NEIGHBOR软件。如下图：
选项M键入100。生成两个文件outfile和treefile用记事本和TREEVIEW打开后，发现这两个文件都含有100个进化树。再将treefile文件更名后输入CONSENSE软件，又得到两个文件outfile和treefile，这就是最后的结果。以上是对DNA序列的分析，如果要对蛋白质序列进行分析，PROTDIST、PROTPARS等软件。其他软件的用法可以参照PHYLIP的document.。
下面介绍PUZZLE软件。它是用最大可能性的方法来构建进化树的一个软件，并且对树进行bootstrap评估。该软件搜寻进化树时用的算法是quartet puzzling，这个算法相对较快，但如要分析的序列较多时，也相当耗时。另有LINUX版，运行起来相对较快。PUZZLE的输入格式为PHYLIP INTERLEAVED。CLUSTAL可以生成此格式文件。PUZZLE的界面与PHYLIP类似，也是MS-DOS下的软件。
PHYLO-WIN是LINUX下的一个软件。界面友好，极易操作。该界面如下图：
Puzzle: http//:www.tree-puzzle.de
Phylo-win: http//:www.evolution.bmc.uu.se
Phylip、Treeview and Clustalx: http//:biosoft.yeah.net
编者注：该文在一个word文件中，没有署名，这里写的文章作者是根据word属性中的作者署名。
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