| GenBank数据库简介 | | 点击： 作者： 来源： 时间： 2007-10-21 本站论坛 |
|  |
分子数据库：
1. 核酸序列
1、 Entrez核酸： 用accession number,作者姓名，物种，基因/蛋白名字，以及很多其它的文本术语来搜索核酸序列记录（在GenBank + PDB中）。更多的关于Entrez的信息见下。如果要检索大量数据，也可使用Batch Entrez（批量Entrez）。
2、 RefSeq ： NCBI数据库的参考序列。校正的，非冗余集合，包括基因组DNA contigs，已知基因的mRNAs和蛋白，在将来，整个的染色体。Accession numbers用NT_xxxxxx, NM_xxxxxx, NP_xxxxxx, 和NC_xxxxxx的形式来表示。
3、 dbEST ：表达序列标签数据库，短的、单次（测序）阅读的cDNA序列。也包括来自于差异显示和RACE实验的cDNA序列。
4、 dbGSS ：基因组调查序列的数据库，短的、单次（测序）阅读的cDNA序列，exon trap获得的序列，cosmid/BAC/YAC末端，及其他。
5、 dbSTS ：序列标签位点的数据库，短的在基因组上可以被唯一操作的序列，用于产生作图位点。
6、 dbSNP ：单核苷酸多态性数据库，包括SNPs，小范围的插入/缺失，多态重复单元，和微卫星变异。
2. 完整的基因组 ：
1、 参见下面Genome和Maps部分，包括各种物种资源，人，小鼠，大鼠，酵母，线虫，疟原虫，细菌，病毒，viroids，质粒。
2、 发UniGene ： 被整理成簇的EST和全长mRNA序列，每一个代表一种特定已知的或假设的人类基因，有定位图和表达信息以及同其它资源的交叉参考。序列数据可以以cluster形式在Unigene网页下载，完整的数据可以从FTP站点repository/UniGene目录下下载。
1) 人类：UniGene
2) 小鼠：UniGene
3) 大鼠：UniGene
4) 斑马鱼：UniGene
3、 BLAST ：将你的序列同核酸库中的的序列比较，检索相似的序列。（更详细的信息见下面Tools/Sequence相似搜索部分）
蛋白序列 ：
1、 Entrez蛋白 ：用accession number,作者姓名，物种，基因/蛋白名字，以及很多其它的文本术语来搜索蛋白序列记录（在GenPept + Swiss-Prot + PIR + RPF + PDB中）。更多的关于Entrez的信息见下。如果要检索大量数据，也可使用Batch Entrez（批量Entrez）。 RefSeq — NCBI数据库的参考序列。Curated, 非冗余集合包括基因组DNA contigs,已知基因的mRNAs和蛋白，在将来，整个的染色体。Accession numbers用NT_xxxxxx, NM_xxxxxx, NP_xxxxxx, 和NC_xxxxxx的形式来表示。 FTPGenPept — 下载“genpept.fsa.Z”文件，这个文件包含了从GenBank/EMBL/DDBJ记录中翻译过来的FASTA格式的氨基酸序列，这些记录都有一到两个CDS特性的描述。
上一篇：DNA重组实验常见问题分析 下一篇：DNA分子标记技术基因克隆技术 共7页: 上一页 [1] 2 [3] [4] [5] [6] [7] 下一页 | | |
|
|
|
