总结：对于系统发育分析，最好的比对程序是什么呢？
对于一个给定的系统发育问题，如果预先不知道其中的系统发育关系，就很难知道最适用的比对方法（cf. Morrison and Ellis, 1997）。一般来说，我们并不赞成直接把计算机比对结果提交给建树程序，因为建树程序不能发现比对的错误；尤其是那些包含在比对程序包中（比如，CLUSTAL and TREE in ProPack）的建树程序，特别要注意这一点（Feng and Doolittle, 1996），因为在这些程序包中的建树程序更加不严格。我们必须通过分子结构�功能和碱基取代过程作出一些假定，并且结合另外一些独立的系统发育证据，对整个比对进行考察。
从比对中提取系统发育数据集
在某些比对中，比对长度是可变的，这时，系统发育数据集同比对就不会完全吻合；即使 在一些长度不变的比对中，数据集也可能同比对结果不一致--举一个很简单的例子，有时候我们只需要处理第一个和第二个密码子位点，就不需要全部的比对结果，这个话题我们在后面讨论取代模型的时候还会涉及到。
如果比对中出现可变长度，我们通常会根据比对的不确定性程度和处理indel状态的原则这两个标准对比对结果进行取舍，从中选择所需的系统发育数据集；其中针对indel状态的处理方法取决于建树方法以及从比对结果中发掘出的系统发育信息，最极端的方法是把包括空位在内的所有indel位点从比对中清除出去，在分析时不加考虑（cf. Swofford et al., 1996a），这个方法的好处是可以把序列的变化包容在取代模型中，而不需要特别的模型来处理indel状态，但是它的缺点也很明显：indel区域的系统发育信息完全被忽略了。
在提取数据集时保留indel区域但是忽略所有的空位分值，将会保留包括空位在内的位点碱基变化信息。某些长度可变区域在部分序列或者全部序列中很难对准，在这种情况下，这些难以对准的碱基的分值应该清零；这个方法存在很大的缺陷，MP和ML建树方法会不加考虑地把这些清零的或者被忽略的分值理解为零分歧，但是实际上隐藏在这些分值下面的实际的数据（不管是空位还是难以对准的碱基），一般来说，反映出的分歧度都很大。PAUP 4.0中的距离建树方法（将在下文描述）允许通过非空位区域外推得到空位区域的距离。
最大节约（MP；见下）是允许把可比对的空位合并，并将其视为特征符的唯一方法；可以通过两种方式达到目的：作为一个附加的特征符状态（第五种核酸碱基或者第二十一种氨基酸），或者作为一套独立于碱基取代的特征符集。当空位占据了不止一个位点的时候，前一个方法行不通，因为每一个空位位点都会被统计为一次独立的特征符状态变化。当比对的序列的局部出现很好的可比对的空位的时候，后一种方法非常有用。我们可以把一套空位特征符附加到比对序列数据集中，也可以用额外的碱基程序在适当的位置对空位计分，但是在计分的时候，空位位点中只有一个作为空位计分，其余的将会被忽略。PAUP将会执行这个方法。
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