分值是312分，这个分值只比最好的随机进化树分值稍微好一点。
图9.10
用PHYLIP程序进行自引导分析的工作流程。SEQBOOT接受一个PHYLIP格式的文件作为输入数据，然后按照用户指定的数目（比如1000次）将其加倍。输出文件中的结果可以用来计算1000个距离矩阵：如果是DNA数据，就用DNADIST；如果是蛋白质数据，就使用PROTDIST。在这个步骤中，真书的数据（核苷酸，氨基酸）被屏蔽，由两个序列之间的分歧数量取代。然后，NEIGHBOR程序将会为这些（1000个）矩阵的每一个都建立一个进化树。然后，CONSENSE程序将1000个进化树较少到1个，并且在树枝上标注自引导数值。存在于输出文件中的CONSENSE进化树的拓扑结构可以用任何文本编辑软件打开，而进化树文件可以为出版发行作进一步处理。Treetool和TREEVIEW允许用户对进化树进行操作和处理（重新确定树根，重新排布树枝，将系统树图转化为家族图谱，等等），并且可以将文件存储为常用的图形格式（就像PICT）。虽然这些程序不在PHYLIP软件包中（用虚线方框标注），他们都是免费可得的（见本章结尾的列表）。图示还显示了一些在自引导分析过程中进行数据处理时所用到的不同的文件格式。受篇幅限制，每个文件都截去了许多内容，这些截去的内容在框中处于右方和底部。
参考文献
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