图9.4
特征符权重方阵及其在MP系统发育分析中的应用。（A）、图中的方阵表明颠换的代价是转换的代价的两倍。因为根据MP分析，两个序列共有的碱基是永远不会改变的，因此对角线元素将会被忽略。（B，C）、八个序列中，某个特殊的对准位点的碱基的假定的进化模式，在这里有两种系统发育的解决方案和构建模式。用不加权的MP方法进行分析，则这两种构建方法（相对于其它方法）拥有相同的代价值（分为三个步骤），因此是等价的；但是如果使用（A）中所示的加权方阵后，构建（B）需要四个步骤，而构建（C）则需要5个步骤，因此，应该选择构建方法（B）以及其它只需要四个步骤的构建方法。
图9.5
在ML和距离系统发育分析中使用的简化的取代速率方阵。这个方阵同图9.4中所示的方阵类似，但是在对分歧进行实际计算时需要引入比较复杂的代数，而且并不取决于碱基之间的简单的步骤加和。非对角线元素an代表一个变化的瞬时速率，它是不同取代的相对速率以及目标碱基的频率。实际上，前进速率（上对角元素值）同反向速率（下对角元素值）被认为是相等的；而对角线元素值是非零值，这很有效地说明了一种可能性，即序列之间的分歧越大，越有可能在很偶然的情况下拥有相同的碱基。在序列进化的最简单的模型中（the Jukes�Cantor model），所有的a值都相同，所有的取代类型和碱基频率都被认为是等价的。
图9.6
双重序列比较。这张表比较了菠菜（Spinacia oleracea）和铁锈真菌（Sclerotinium sclerotiorum）的18s rDNA序列进行比对的1361个位点。行表示铁锈真菌中，同菠菜的特定碱基比对的碱基分布；列表示菠菜中，同铁锈真菌的特定碱基比对的碱基分布；对角线元素是两个序列中碱基位点相同的数目。注意铁锈真菌中有AT碱基偏向：铁锈真菌中有83（10 + 36 +25 + 12）个位点是A或者T，它们对应的菠菜序列的位点是G和C；想比较而言，铁锈真菌中只有47
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