之间发生了多个独立的取代，因此系统发育证据支持这个比对。
图9.3、
系统发育的比对分析。（A）、图9.1中所显示的引导树分类群中，5.8s rDNA序列比对的变长区域（框中所示）。1�8所示为被子植物；9�10为gnetophytes；11�13为松类植物；14�15为蕨类植物；16为苔藓；17�21为绿藻；22�27为真菌类；28�33为原生生物。这些序列比对已经公开出版（Hershkovitz and Lewis, 1996）。每个序列的阴影区域都是独一无二的。图9.1所示的引导树分类群中的序列同这里的序列一样，只是这里的序列为了简单起见，略去了一部分。注意引导树（基于完整序列）中的分类群似乎在变长区域形成了比对分组。按照双重原则，某些相关性较远的序列出现可供选择的比对形式似乎很合理。举个例子来说，如果向左移动两格，那么CLADO序列中间的TAC就会同一些被子植物中的YAY对准，而不是同绿藻类的YYC对准；但是足够的抽样显示YAY在被子植物中并不普遍，因此，引导树支持现行的比对，以使绿藻类中不会出现变长；如果没有足够的样本、引导树或者预知的系统发育证据，就不能做此结论。注意，绿色植物系统（1�21）和真菌及原生生物并不能很好的对准。阴影部分的变化和引导树注明的分歧都表明在这些距离较远的组分之间不存在真正的比对，这里的比对相当武断，真实的碱基也不太象是同源的。（B）、同样的比对，为了进行系统发育分析进行如下的修正：（1）、真菌类和原生生物序列重新计分，忽略所有阴影区域内的位点，这些位点同绿色植物系统的比对很不确定；（2）、真菌类的变长区域附加到比对的末尾，因为这些区域在真菌类内部比对较好，而且包含了有用的系统发育变化；（3）、多位点空位按照一个空位计分，其余的忽略不计，因此在MP分析中，多位点空位不被看做多个独立的缺失位点。原生生物的变长区域不会被附加到比对末尾，因为比对结果和引导树都表明原先的比对相当武断。
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