这个站点的画树软件是基于苹果机和视窗操作系统的，它读取标准的NEXUS和PHYLIP格式的系统发育树文件。这个软件允许用户重新定义树根和其它一些简单的节点，系统发育树可以打印或者保存在一个文件中（在苹果机中是PICT，在视窗操作系统中是图元文件），以备日后处理。这个程序对于出版物中的系统发育树的描绘很有帮助。
http://taxonomy.zoology.gla.ac.uk/rod/treeview.html
在RDP树上进行系统发育定位（SUGGESTING A PHYLOGENETIC PLACEMENT ON THE RDP TREE）：
这项服务允许用户自行输入一段小的RNA序列，把这段序列用快速DNAml画树程序定位到已有的RDP（Ribosomal Database Project）树上。这项服务快得令人惊奇，它可以在不到一分钟的时间里返回一个大约包含20个物种的系统发育树，但是它还不能进行彻底的分析。
http://rdp.life.uiuc.edu/RDP/commands/sgtree.html
致谢：
非常感谢Dave Swofford提供了PAUP 4.0的测试版本以及同Dave Swofford 和Jack Sullivan进行的十分有益的讨论。M.A.H是作为国家生物工程信息中心的一名博士后参与这项工作的。感谢NIH和史密森学会。
图示：
图9.1、
选定的植物、真菌和原生生物的5.8s rDNA序列的CLUSTAL引导树。分类和相应缩写字母所代表的序列在其它地方有描述（Hershkovitz and Lewis, 1996）。首先利用CLUSTAL的特定的（在这里使用的是默认值）空位罚分进行双重比对，然后根据双重比对得到序列两两之间的相似性，得到这个临近相连的（距离）进化树。计算相似性时依据的是双重比对中相同碱基的比例，不用考虑空位的位置。这个进化树既可以看作是一个最终结果，也可以作为一个多重比对中的预备步骤。不管怎样，这个进化树都会被存储为PHILIP
上一篇：多序列比对的实际应用 下一篇：利用蛋白质序列的预测方法
共45页: 上一页 [1] [2] [3] [4] [5] [6] [7] [8] [9] [10] [11] [12] [13] [14] [15] [16] [17] [18] [19] [20] [21] [22] [23] [24] [25] [26] [27] [28] [29] [30] [31] [32] [33] [34] [35] 36 [37] [38] [39] [40] [41] [42] [43] [44] [45] 下一页
