PAUP或者Hennig86互相影响。
http://www.vims.edu/~mes/hennig/software.html
生物目录分子进化（BIOCATALOG MOLECULAR EVOLUTION）：
欧洲生物信息学研究所提供了大量系统发育学软件的链接。这个站点提供的STATALIGN程序似乎是独一无二的，其他站点都没有。
http://www.ebi.ac.uk:/biocat/phylogeny.html
杆页（ROD PAGE’S HOME PAGE）：
这个主页提供了少量的系统发育学的分析软件，这些程序是基于苹果机或者视窗操作系统的，包括下面提到的TreeView程序。
http://taxonomy.zoology.gla.ac.uk/rod/rod.html
读取序列（READSEQ）：
这里有一个文件格式转化程序，可以把一种格式的序列文件转化成另一种格式的序列文件。这个站点的页面上有一个拷贝—粘贴（copy—and—paste）窗口和一个下拉菜单，用户可以选择14种常用的序列文件格式中的一种作为输出格式。
http://dot.imgen.bcm.tmc.edu:933/seq-util/Optiions/readseq.html
序列输入输出（SEQIO）：
这个站点有一个软件包，其中包括了READSEQ程序的可执行版本，还有其它许多的关于数据库搜索的软件和分子生物学家们可能会用到的计算机工具。这个软件包可比READSEQ程序复杂得多，必须下载后安装才能使用。如果只是想进行简单地序列文件格式转化，READSEQ要快得多。
http://wwwcsif.cs.ucdavis.edu/~knight/seqio.html
PHYLIP：
这是一个分析系统发育的免费软件，有关软件的简短介绍可以在线阅览，但是软件和完整手册需要下载。
http://evolution.genetics.washington.edu/phylip.html
画树程序（TREEVIEW）：
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