系统发育分析-试验方案

系统发育分析
点击： 作者： 来源： 日期：2007-07-04 本站论坛

选择外围的分类群同内在的分类群的选择对于分析的影响是相当的。尤其是当外围的分类群同一个或者几个内在的分类群拥有一个相同的不同寻常的属性（比方说，组成偏好或者始终频率）时，问题就会复杂化（Leipe et al., 1993）。因此合理的做法是用若干个外围的分类群计算每一个分析，检查内在分类群的拓扑结构的一致性。

要清醒地意识到程序可以给出不同的答案（进化树），仅仅是因为序列出现在输入文件的顺序不同。PHYLIP, PAUP以及其它系统发育软件提供了一个“混乱”选项，可以按照不同的（混乱的）输入顺序重新运算。如果不管是什么原因，必须在一次运行中计算进化树，怀疑有问题的的序列应该放置在输入文件的结尾，以降低进化树重新排布方法受到一个较差的初始拓扑结构（这个拓扑结构来源于任意的有问题的序列）的负面影响的可能性。

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