ML功能据称更加实际一些（Swofford et al., 1996a）。进化树的拓扑结构可以通过拖动树枝进行操作，而点击树枝则会在进化树的对称性上产生审美的修饰。
MACCLADE包括如下一些同序列分析相关的附加的特色：
- 能够方便地编辑模糊区域的数据编辑器，因为序列块可能会被转变为丢失的数据符号。
- RNA或者DNA翻译成氨基酸数据。
- 识别IUPAC核苷酸的模糊密码。
- 以特征符数目和进化树上变化的数目为维度的图表，通过这张图，可以直观地观察位点内部的速率差异性。
- 一个MP进化树的各种碱基之间相互转变的总量的图表（“状态转变和统计”图表：其中有些数据可能是在文献中被错误地报告为取代“速率”，但是对于树枝长度或者位点内部的速率差异完全没有修正）。
- 根据四种不同的规则将状态转变和统计数值转化为一个权重矩阵。
- 计算密码子位点。
- 为制图功能以及从数据集中切除位点选择密码子位置。
- 一个基本的比对编辑器，允许拖拉被选的序列块。
- 能够输出同PRETTY格式相似的数据，其中的序列块由空格分开，并且与第一个序列相匹配的碱基标记为“.”。
- 同PAUP相似的一个进化树图形编辑器，同样允许在每一个数值上对特征符变化作出标记。
- 为PAUP分析定义约束进化树的简单方法（仅仅是简单地瓦解那些非约束的节点，然后将进化树存储为一个文件）。
MEGA plus METREE
MEGA（Kumar et al., 1994）是一个关于序列分析以及比较统计的DOS程序的软件包，其中包括有距离建树方法和MP建树方法。对于MP
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