Mindell, 1991; Wheeler, 1994）。因此，出于系统发育的目的，比对程序只是系统发育分析的一部分。
建立一个比对模型的基本步骤包括：选择合适的比对程序；然后从比对结果中提取系统发育的数据集，至于如何提取有效数据，取决于所选择的建树程序如何处理容易引起歧义的比对区域和插入----删除序列（即所谓的indel状态或者空位状态）。
多重比对程序
多重比对程序有如下一些属性：
计算机依赖性：无依赖；部分依赖；完全依赖。
系统发育调用：无调用；先验调用；递归调用。
比对参数评估：先验评估；动态评估；递归评估。
比对特征：基本结构（比如序列）；高级结构。
数学优化：统计优化；非统计优化。
在系统发育分析研究中，一个典型的比对过程包括：首先应用CLUSTAL W程序，然后进行手工比对，最后提交给一个建树程序。这个过程有如下特征选项：（1）、部分依赖于计算机（也就是说，需要手工调整）；（2）、需要一个先验的系统发育标准（也就是说需要一个前导树）；（3）、使用先验评估方法和动态评估方法（推荐）对比对参数进行评估；（4）、对基本结构（序列）进行比对（对于亲水的氨基酸，推荐引入部分的二级结构特征）；（5）、应用非统计数学优化。这些特征选项的取舍都依赖于下面将要描述的具体的系统发育分析方法。
计算机依赖型
提倡进行完全的计算机多重比对的人常常有这样的依据，他们认为手工比对通常都是含混不清的（Gatesy et al., 1993）。MALIGN（Wheeler and Gladstein, 1994）和TreeAlign（Hein, 1990, 1994）程序都试图在根据系统发育功能而优化比对的时候实现完全计算机化，尤其是试图通过初步的多重比对而优化出一个最大节约树（MP tree）。一般来说，只有当我们假定计算机程序能够进行正确的比对的时候，我们才会实行完全的计算机处理。之所以还提倡进行手工比对（比如，Thompson et al., 1994），是因为现在的比对算法和程序还不能满足系统发育分析的需要。
系统发育标准
许多计算机多重比对程序（比如CLUSTAL, PileUp,ALIGN in ProPack）根据明确的系统发育标准（一个前导树）进行比对，这个前导树是由双重比对得到的。但是SAM（Hughey et al., 1996）和MACAW（Lawrence et al., 1993）程序在进行多重比对时并不引入明确的系统发育标准，虽然这些程序也可以模拟系统发育过程操作参数。
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