MP进化树进行操作）；计算MP进化树的逐步差异；评估指定分区之间的位点的信号冲突（比方说，在总和分析中，核内序列数据和细胞器序列数据）。
在PAUP中有不同的方法来确定一个约束进化树，但是最简单的方法是使用“loa [ d constraints ]”命令，从任何进化树文件或者任何数据文件中的进化树块中把一个或者多个进化树的定义输入到约束进化树缓冲中去。选择约束进化树要限定“hs [earch ]”命令。如果使用菜单，这个过程会很简单；也可以通过“help loa [ dconstr ]”和“help hs [earch ]”命令查询命令行的语法。
其它特色
许多（但不是所有的）PAUP命令选项都是触发开关，因此在一次通话中一个已经设定的选项保持激活状态。在执行一个新命令或者程序之前，特别是在执行一个包含很多不同程序和数据集的复杂的会话之前，查询当前的设置是非常有用的；查询可以使用菜单，也可以在合适的地方直接键入命令“{ command-name }<space>?”。
PAUP拥有一额外的附加的特色，在这里我们之涉及到其中的一部分：（1）、为画图、打印或者将PICT文件进化树（包括PHYLIP或者CLUSTAL进化树; 见图9.1）输出为若干种格式（但是，遗憾的是，不包括TreeDraw、PHYLODENDRON和TREEVIEW的辐射图）的基本的图形特色；（2）、一个能够编辑数据文件和日志文件的文字编辑器，这个编辑器可以分成四个面板，以浏览一个很长的比对或者日志的不同部分；（3）、将输出存入一个新的日志文件，或者将输出附加到一个已经存在的文件中去；（4）、使用外围集团、指定的祖先、指定的祖先状态或者中点方法确定进化树的树根；（5）、计算MP和ML方法中特征符状态的重新构建（如果这个程序使用ML，精确度可能会好一些，但是非常慢，而且对于超过100个不同位点和50个分类群的数据集，几乎是不可实现的；输出结果可以被用来对一个进化树的变化进行手工标记）；（6）、序列之间双重碱基差异的总和（现在叫做“二核苷酸频率”，当然以后的版本可能会用其它名字）。
其它程序
除了PAUP和PHYLIP以外，还有其它一些系统发育程序，这些程序有一些独到之处，但是程序在处理过程和可移植性方面通常都有很多限制。这些程序包括FastDNAml, MACCLADE, MEGA plus METREE, MOLPHY和
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