PHYLIP, GCG-MSF, NBRF-PIR, HENNIG86数据格式以及文本比对（形如“{ name } <tab or space> { same-length sequences } <ret>”的列表，以“;<ret> end”结束）。Sequencher（基因密码有限公司）和Sequin程序可以输出NEXUS格式。其它格式的比对序列（CLUSTAL, FASTA, GDE等等）可以通过ReadSeq程序将其转化为NEXUS格式。如果使用ReadSeq程序，必须为每个单独的序列（分类单元）设计一个不超过八个字符的名字，因为程序会自动截取过长的名字。PAUP中的名字可以无限长，但是每一个名字必须唯一。比对块（比方说，就像MSF文件）可以由空格分开，作为更好的跟踪序列的位置。比对可以是连续的，也可以是较差存取的。PAUP文件中可以在方括号中写明注解和注释（比方说，比对中基本位置的标记）。PAUP可以识别IUPAC核苷酸的模糊密码，但是这些密码在进行距离和ML分析时被看作是丢失的数据。
PAUP文件中的数据块可以包含附加的最优化信息，比如特征符和序列标签，丢失数据的定义以及特征符集和特征符权重集的定义；其语法同PAUP 3.0相同，并且可以通过帮助文档进行交互式查询。一个PAUP文件还可以包含假定和进化树块。这些块的格式同MACCLADE程序所使用的格式基本相同，只有若干差异（Maddison and Maddison, 1992）；举个例子，MACCLADE不能识别空位模式，而空位模式在MP分析中将会把空位看作是附加的特征符状态（FORMAT<space>GAP= { character } <space> GAPMODE=newstate<space> { other format options };）。同样地，PAUP会忽略一些MACCLADE数据选项。
在某些情况下，很南对数据进行手工格式化，这时就可以用菜单界面或者交互式的MACCLADE程序输出正确的格式文件。举个例子，可以通过PAUP菜单界面创建“假定集”。假定中可以包含一个外围集团的说明规范、特定分类群的排除以及特征符，如果是MP分析，还可以包含特征符权重和特征符类型的说明规范。假定还可以存储为一个合适的格式文件；打开一个数据文件的时候，就可以加载这个文件，或者，可以把注释粘贴到一个早先创建的文件中，以避免在并发的通话中需要将其加载。
PAUP也可以读取PHYLIP进化树的描述（从PHYLIP或者CLUSTAL输出），其中所提供的数据将被粘贴到一个NEXUS
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