Gary Olsen’s fastDNAml 程序（Olsen et al., 1994），这个程序是DNAml的“姐妹”程序。
PAUP
开发PAUP（Swofford, 1997）的目的是为系统发育分析提供一个简单的，带有菜单界面的，与平台无关的，拥有多种功能（包括进化树图）的程序。在苹果机（Macintosh）上使用过PAUP程序（版本3）的人对这个程序的菜单界面都会很熟悉，虽然这个版本已经不再发行了。PAUP 3.0只建立于MP相关的进化树及其分析功能；而PAUP 4.0已经可以针对核苷酸数据进行与距离方法和ML方法相关的分析功能，以及其它一些特色。
获取和编译程序
在商业版本发行之前，现行的出版物中，有成打的分析使用了PAUP 4.0测试版本（由原作者通过 blue@onyx.si.edu 提供）。菜单界面的测试版本已经在Macintosh 68K 、PRC 计算机和微软的视窗操作系统上编译通过。命令行版本已经在Sun Sparc、Supersparc、DEC Alpha（OSF1和OPENVMS）、SGI（32位和64位）以及linux上编译通过。
初学的用户应该将其中一个菜单版本浏览一遍。在这些版本中也可以使用命令行，这样会使得命令教程会变得容易一些。通常而言，命令都有缩写。比如，要执行启发式进化树搜索的命令可以键入“hs[earch]”（大小写不敏感；括弧内的字符为选项）。而且，因为文件在各个平台之间都是可移植的，菜单版本可以用来测试数据文件。如果希望在一个很快的Unix机器上跑一个分析程序，这个协议就显得非常重要。如果文件格式出错，菜单版本不仅仅报告文件格式的错误，而且还会打开文件，将错误的地方高亮度显示。
数据格式
PAUP使用一种称为NEXUS的数据格式，这种格式还可以被MACCLADE程序使用，当然PAUP也可以输入
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