之所以成为新技术，就是能够用相对简单快捷的方法完成以往极为复杂、耗时甚至不可能完成的工作。尽管生物芯片技术能够提供极为丰富的信息，而使用芯片的流程却并不复杂。首先是准备好芯片和待检测样品。如果是检测表达谱，就需要从待检测样品mRNA或者total RNA中制备cDNA探针，与芯片杂交。如果是SNP检测，则需要从待检测样品Genomic DNA中通过PCR制备探针。芯片杂交属于固-液相杂交，与常规的Southern杂交相似。经过高严谨度的洗涤后进行结果检测。我们需要根据探针标记分子的种类和芯片的规格来选择检测方法。对于Macroarray一类的胶膜芯片，可选择同位素标记、化学发光法标记，检测时需要X光片压片曝光--显影--扫描记录，再选用相应的软件进行数据分析。条件较好的实验室也可以选用磷屏成像系统代替X光片，直接成像并进行定量分析。通过比较芯片上相同位置上的基因（即同一基因）在不同样品的杂交信号，就可以得到这一基因在不同样品中的表达信息。对于Microarray一类的玻璃片基芯片，通常使用的标记方法是荧光标记，通过特殊的芯片扫描仪扫描和相应的软件进行数据分析。
一般的实验室可以根据实验需要选择购买已经商品化的预制芯片。目前已经有不少厂家提供成熟的商品化芯片，如后面即将介绍的Affymetrix、Clontech等公司，产品质量非常可靠，得到世界公认，并已有相当多的使用这类芯片的文章在Science，Nature，Cell等一流杂志上发表。具体的产品种类将在后面介绍。如果这些现成的产品不能满足研究的需要，则可以考虑向这些厂家定做个人设计的芯片。这些著名厂家的良好信誉能为你的实验结果和文章发表提供可靠的保障。当然，如果研究需要陆续用到很多不同种类的特殊芯片，定做成本太高，则可以考虑购买Cartesian公司的小型台式芯片工作站或者Telechem公司的Personal Microarrayer。作为大型芯片生产，可以考虑购买高性能的生物芯片点样制作系统。值得注意的是自制芯片需要购买预处理玻片和其他一些试剂，相关信息在后文中会有详细介绍。
小常识: 基因微阵列(Gene Array)有许多不同的名字，比如biochip, DNA chip, GeneChip? (a registered trademark of Affymetrix, Inc.), DNA array, microarray and macroarray等等。通常DNA chip, GeneChip?, microarray多指点阵密集度很高的玻片基质的微阵列(microarray有时也用来指点阵密集度很高的胶膜芯片)，而macroarray则多指点阵密集度较低的尼龙膜基因微阵列，这是由于膜和上面的每个点的面积相对较大的缘故。基因芯片GeneChip?则已经被Affymetrix公司注册专利，特指该公司的产品系列。通常biochip, Array, DNA array和Gene Array可以泛指各种芯片上固定的生物分子为核酸的生物芯片。
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