乙酸是Escherichia coli生长繁殖过程中主要代谢副产物,尤其在高密度培养过程中,大量的乙酸产生，抑制了菌体的生长和外源蛋白的表达。对于生成乙酸机制，主要有四种推断:(1)乙酸的生成与有限的呼吸能力相关；Reiling等人发现，细胞氧吸收速率在某一个细胞比生长速率下达到最大值，当细胞比生长速率继续增大时，氧比摄取速率恒定不变。过多的葡萄糖不能被通过氧化途径彻底氧化而转而生成乙酸产生ATP和NADH2。(2)过多的NADH2促使碳流向乙酸形成代谢。在高比生长速率或高葡萄糖浓度条件下，将抑制细胞TCA循环和电子传递系统的酶活性，而导致细胞内出现高浓度NADH积累，从而使碳流迁移到乙酸形成途径。(3)乙酸形成与TCA循环代谢能力和呼吸链电子传递能力有关。Majewski等认为有限的TCA循环能力和呼吸能力容易引起乙酸的形成。(4)氧化代谢(也许是TCA循环)的有限能力与乙酸形成有关。生长速率低时氧化代谢可满足合成和分解代谢的需求，然而在高生长速率时，这两者的需求将超过细胞本身所具有氧化代谢的能力，Han等推断Escherichia.coli将通过原有的氧化代谢能力和乙酸形成代谢机制，重新组织氧化代谢，以首先满足合成代谢的需求及提供所需的能量。E. coli选择乙酸形成途径也可作为有氧呼吸时能量供应的来源，因为通过此途径能够产生大量的ATP和NADH。然而到目前为止，对E.coli产乙酸的机制仍然没有完全阐述清楚。
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