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  • 提取常见问题分析

  • 点击:    作者:   来源:基因酷 日期:2007-10-24    本站论坛
用Trizol 抽提的RNA,用琼脂糖凝胶电泳,出现许多条带(至少四条以上),是哪些原因导致的?
参考见解:
1、 是从组织里抽的还是细胞抽的?组织的RNA电泳不理想,但目的条带仍能跑出来。细胞的电泳相当漂亮,但有时逆转录效果反而不好。组织经常出现这种情况,组织抽提的RNA不纯,而且多多少少有降解。不过下一步可以接着做逆转录,可能对后面的实验影响不会很大。
2、 是mRNA的话,这样的效果挺不错的。如果是总RNA,那是降解了。不过细胞的RNA应该不容易降解,可以上样少点再跑胶。
3、 可以试试在70度加热5分钟,然后再跑跑电泳可能有意想不到的结果.
4、 建再进行RNA精致的过程,也就是Trizol后,加氯仿,吸取上清尽量少吸,然后将其再按规程离心一次吸取上清后加入异丙醇,然后再用70%冰乙醇洗两次可见RNA,如果还是不行的话最好用柱式吸附柱将上清与70%冰乙醇混合后过柱怀疑这种属于基因组DNA污染在操作过和的preeogress降解.所以一定要按规程进行抽提.
胰腺组织RNA提取时在研磨时总是粘在研钵,怎么处理?有什么好的方法吗?
参考见解:取出胰腺组织后立刻浸入液氮中,然后将其转移至研钵中(研钵要经180度干烤4-8小时,除去RNAase),持续研磨,一边研磨一边加液氮,研磨成粉末。此时要注意液氮的补充,如果组织化开就会出现组织粘在研钵内的情况。 研磨成粉末后加入Trizol,此时,由于低温Trizol也会冻住,持续研磨至Trizol化开并澄清亮,就可以了。然后离心,进行下面的步骤。
也可以使用匀浆器,很便宜,也很简单。当然要经去处RNAase处理。在冰上将组织研磨成匀浆即可。
所有的准备工作如干烤、DEPC浸泡等均按分子克隆上说的处理了,可是就是提取不出RNA来。异丙醇沉淀后在管底也有乳白色的东西,用DEPC水溶解却溶解不了,很粘稠。电泳什么也看不见。用的组织是小鼠的肺和脾脏,TRIZOL用的是GIBCOL的。组织和TRIZOL的比例为每50mg用1ml TRIZOL。为什么?
参考见解:乳白色的东西有可能就是RNA,一定要溶解,实在不行就在70%乙醇洗过后迅速空气干燥一下,加DEPC水,还溶解不了就65度加热10分钟.好象100mg组织加1mlTRIZOL足够了。
提取酵母的总RNA都用什么方法?有好用的试剂盒吗?酵母总RNA提取应该注意什么?
参考见解:使用热酚法抽提酵母RNA,很好用。
1、 将酵母细胞培养在3ml选择性培养基中,30℃过夜旋转培养。
2、 稀释过夜培养的菌液,重新在10ml培养基中培养细胞。
3、 ?OD600达到1.0时,收菌,4000rpm/min离心5min,弃培养基。
4、 将细胞悬浮于400μl AE缓冲液(50mM Sodium Acetate,10mM EDTA 调整pH值至5.2)。
5、 ?加入1/10体积的10% SDS,充分混合。 加入等体积在65℃预热的酸性酚(pH4.5),混合。
6、 ?65℃加热5min,冰上放置10min。在室温下8000rpm/min离心10min。
7、 ?取水相,加入等体积的酚/氯仿/异戊醇(25∶24∶1),10000rpm/min离心8min。
8、 取水相,加入等体积氯仿/异戊醇(49∶1)10000rpm/min离心8min。
9、 加入1/10体积3M pH5.2的醋酸钠,2.5倍体积的纯乙醇,-20℃过夜沉淀。
10、 沉淀样品于4℃离心5min,去除液体。
11、 在冰上干燥RNA(放置15min),最后用适量DEPC水溶解RNA。
贴壁细胞消化后可不可以离心后加入Trizol呢?有影响吗?
参考见解:可以,用少量PBs重悬,然后用trizol提取,不过提取要快,不能存放,因为细胞为活体,表达受外界环境影响,要是已经存放了两小时,建议重做。
在没有液氮的条件下,直接研磨组织成粉末再加入TRizol中,对RNA提取的质量会不会影响很大?或者在研磨过程中直接加入TRizol研磨直到成粉末,这样可不可取?
参考见解:在没有液氮的条件下,直接研磨组织成粉末再加入TRizol中,这样RNA早就没有了。
要是在研磨过程中直接加入TRizol研磨直到成粉末,可以观察组织,看研磨得什么样子了,磨的差不多时加trizol,可试一下,镜下观察然后确定加入trizol试剂。
用Tiangen的TRNzol提的月见草(柳叶菜科)叶片RNA,跑电泳结果发现RNA已经降解了。后换了烟草的叶片,同样的提取,出现18s,和28s的两条带,结果比月见草好。但是没有到18s:28s=2:1的程度。而且下面还有多出来的条带,不知道是5s,还是降解了的RNA。下面是电泳图,第二道是烟草总RNA,OD260/280=1.82,第三道是月见草总RNA,OD260/280=3.05。普通琼脂糖胶0.8%,130v,20min请问:
1.烟草的RNA的结果足够做RT-PCR了吗?想分析的是叶绿体上的几个基因。
2.想换用TRNzol以外的RNA提取试剂和方法试试。或者换用其它品牌的TRNzol。不同的物种差异还是很大,提月见草时沉淀出的RNA有浅浅的紫色,不知道是否有什么物质影响了RNA的提取。

 

参考见解:
从电泳图分析:
1、 月见草的RNA已经降解了。
2、 烟草的RNA可以做RT-PCR,质量和纯度都不错。“下面还有多出来的条带”应是叶绿体RNA,是在植物RNA提取中常见的情况.
3、 不用换Trizol,把条件控制严一点,应该能提得好的,多摸摸条件。
4、 用过Qiangen的RNA Easy效果极好.天为时代的RNA Plant也不错,只是试剂味道大了点. 听说天为时代现在好像也有与Qiagen RNA Easy类似的盒子.不过RNA Easy系列的试剂盒提取某些植物会有微量基因组DNA污染, 需RNase free的DNase处理.用过inventroge TRizol,效果不错.
冻存细胞与新鲜细胞的RNA提取有区别吗?具体该怎么操作?
参考见解:新鲜细胞与冻存细胞RNA提取没什么区别。千万不能等细胞溶解了存状态把Trizol直接加到冻存管了,一起化开,振荡振荡就可以了。与从组织中提RNA 差不多。
做软骨组织的RNA提取,应当怎样开始试验?
参考见解:
1、 按RNA提取的要求处理研钵。
2、 研钵中加入液氮。
3、 将软骨组织放入盛有液氮的研钵内。
4、 研碎软骨,液氮蒸发完时加入适量的Trizol。
5、 待Trizol试剂恢复液态后吸入EP管中。
6、 然后按常规方法提取RNA。

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