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A．普通阴性对照
1.siRNA实验应该有阴性对照；
2.通用阴性对照为与目的基因的序列无同源性的普通阴性对照；
3．Scrambled阴性对照和选中的siRNA序列有相同的组成，但是和mRNA没有明显的同源性；
4．阴性对照需要确定和目的靶细胞中其它基因同源性很低。
B．荧光标记阴性对照
1. RNAi negative control与哺乳动物基因无同源性；
2.通过标记荧光，可以方便地在荧光显微镜下观察转染情况；
3.可用于优化转染条件和评价转染效率；
4.具备很好的pH耐受性，在活细胞中更稳定。
C．siRNA阳性对照
阳性对照作为一个实验系统检查是很重要的。您可以利用阳性对照来确认RNAi实验中转染、RNA提取和基因表达检测方法是可靠的。
siRNA阳性对照较为常用的如下：
1 LaminA/C
2 GFP22
3 Luciferase GL2
4 MAPK1
5 Beta-Actin
6 Vimentin
7 P53
8 GAPDH
9 Cyclophilin B
D．转染试剂对照
对于一个完善的对照系统，转染试剂对照(Mock transfection )是不可缺的。转染试剂对照可以检测转染试剂对细胞的毒性、细胞的成活率等细胞转染的各个因素影响。
E．避免Off-target对照
对于RNAi研究来说，在哺乳动物中，off-target效应是一个十分关注的问题。有大量的报道，一个siRNA影响多个基因的表达。因此，大量研究关注于用针对同一个基因的不同区域的多个siRNA进行实验，然后分析各自对基因表达效果的影响。理想的结果是针对不同区域的siRNA对同一个靶基因产生相似的干扰效果。
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