概括地说, 引物应符合下列条件: 引物长度为15-30bp, 过长过短会降低特异性; 碱基随机分布,G C%含量宜在45-55%左右; 引物内部不应形成二级结构,两引物之间不能互补; 引物3`端碱基最好选T,C,G而不选A,这样有利于延伸; 为了便于后续的克隆可以在5`端加保护碱基和酶切位点。 得到一套好的引物后, 下一步任务是制备好的核酸模板。 2.TaqE DNA的体外扩增是由许多不同来源的DNA聚合酶完成的。Saiki等(1985)描述过的最早PCR过程是用E.coli DNA聚合酶I的Klenow片段来完成的.由于这种酶热稳定性差,所以每一轮循环在变性和退火后需加入新酶。后来在PCR中引入耐热性的TaqE (Saiki et al. 1988)避免了这种烦琐的操作,使热循环部分的自动化成为可能。 TaqE 没有3`-5`外切酶校正功能,所以错误掺入率为2×10-4,而且在3`端引入非模板互补核苷酸A,从而克隆时需用T-vector。rpfu DNA聚合酶亦称重组Pfu DNA 聚合酶,是将高温噬热菌Pyrococcus furiosis DNA 聚合酶基因克隆,再转化到大肠杆菌中表达,然后经分离精制而成的高保真耐高温DNA聚合酶。由于其具有独特的5`-3`外切酶活性,与传统的高温DNA聚合酶如Taq DNA聚合酶,Tth DNA聚合酶等相比,Pfu DNA聚合酶具有超强纠错功能。目前国际上已发现的具有校正功能的高温DNA聚合酶有 Vent,Deep Vent ,Tli,Pwo,Pfu,UTTma等,但在扩增DNA时,Pfu DNA聚合酶是所有高温DNA聚合酶在扩增DNA时错误率最低的(1×10-6),它比Taq及其突变体低10倍,比Vent和Pwo低2-4倍。 3.反应缓冲液 主要成分为10-50mmol/L Tris-HCl,50mmol/L KCl,1.5mmol/L MgCl2,其中Mg 2 浓度因能影响引物退火的程度,模板及PCR产物的解链温度,产物的特异性,引物二聚体的形成,酶的活性及精确性而显得极为重要。 4. 模板 可以是基因组DNA,质粒DNA,cDNA,RNA等。
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