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  • 分级定量PCR检测血清HBV DNA

  • 点击:    作者:   来源: 日期:2007-03-06    本站论坛

2.3.2 标准曲线2 将104 cop的竞争模板分别1×103,2×103,4×103,6×103,8×103,1×104,2×104,4×104,6×104,8×104,1×105,2×105,4×105 cop待测模板混合后,分别进行30次PCR扩增,作标准曲线2.
2.3.3 标准曲线3 将106 cop的竞争模板分别1×105,2×105,4×105,6×105,8×105,1×106,2×106,4×106,6×106,8×106,1×107,2×107,4×107 cop的待测模板混合后,分别进行20次PCR扩增,作标准曲线3.

 


 


2.4 临床样品的检测结果 用该定量法对24份HBV感染者的血清进行定量测定,其中12份HBeAg 阳性的血清PCR检测HBV DNA为阳性,HBV DNA在血清中的含量6×107~1×1011/L之间(8×109,6×107,5×1010,4×108,10×1010,5×108,1×1011,7×108,9×108,7×1010,4×109,5×109 cop/L),平均在2.1×1010/L. 而12份HBeAb阳性血清进行测定时,其中7例血清PCR可检出HBV DNA阳性,HBV DNA在血清中的浓度在2×105~3×108 cop/L(6×106,4×106,2×105,5×105,3×108,7×105,1×106 cop/L). 而其余7份血清PCR检测HBV DNA为阴性.

 

3 讨论

 用竞争性PCR定量的基本条件是靶序列和竞争性序列用相同的引物,并以相同的效率扩增[1]. 在本实验中,我们采用一对引物对待测靶序列和竞争序列同时扩增,竞争序列是在靶序列中央插入40bp人工合成的DNA片段而来的,这样就保证了靶序列与竞争序列有相似性,使扩增效率相接近. 实验证明,我们设计的竞争模板与待测靶序列有相同的扩增效率,即两者开始的比值经扩增后没有改变,这就保证了本定量实验的可行性. 插入40bp序列也足以使扩增后的两种产物能在琼脂糖凝胶上被分离开. 但这段序列又不能太长,以免扩增效率和待测模板不一致. 在实验中为了使两条扩增带不相干扰,PCR扩增一定要保证特异性扩增. 为此该定量方法要求按严格的标本处理方法提模板DNA,同时对不同浓度范围内的模板按不同的循环次数扩增,即20~103 cop/每管的PCR用40次循环扩增;103~105cop/每管的PCR用30次循环扩增,105~107cop/每管的PCR用20次循环,这样不仅可以保证低浓度模板能被扩增出来,同时高浓度模板经扩增不易出现非特异扩增带,这样就有了定量的前提条件.
  该方法的理论基础为Ax/Ao=(225Yx)/(265Y0)=[225X(1 e)N]/[265M0(1 e)N]. Ax/Ao为待测模板与竞争模板的扩增产物带荧光强度比;Yx/Yo为待测与竞争模板扩增产物拷贝数之比;225bp为待测模板的长度;265bp为竞争模板的长度;X为待测模板的初始量;Mo为竞争模板初始量;e为扩增效率;n为循环次数. 由于本实验中两种模板扩增效率相同,循环次数相同,上式就变为Ax/Ao=225X/265Mo,取对数后为1g(Ax/Ao)=lgX 1g(225/265Mo). 因此,1gX与1g(Ax/Ao)成线性关系[6]. 但在作分级定量的3个标准曲线时,当靶序列比竞争序列的拷贝数大于10倍以后,标准曲线就渐渐偏离理论值,斜率逐渐增大. 这是由于当待测序列的初始模板量大于竞争序列10倍以上时,经过一定的扩增循环后,待测序列的扩增产物量急剧增大,这些产物所产生的荧光强度已接近或超过了检测系统的饱和限. 因此Ax值增加幅度很微小,直至饱和,此后Ax的测量值不再变化[7]. 而另一方面由于PCR反应体系中各种成分迅速被大量的待测序列及其产物占有,竞争序列的扩增就受到强烈地限制,最终扩增产物下降到A0值接近0. 因此我们看到随着待测序列分子数量增加,标准曲线将迅速上升. 为此我们每一级的定量范围在标准竞争模板量的10±1之间.


  在定量测定时,我们采用GQS-960凝胶成像及分析系统,对待测及竞争模板的扩增带进行荧光强度比较,经微机计算出相应的待测模板拷贝数. 该方法仍采用溴化乙锭染色,紫外灯下测定荧光. 因此过去有定性PCR设备的实验室,只需购买一套凝胶荧光强度检测仪就可以开展工作. 该定量法不需象以往竞争PCR定量方法那样,测定一个样品DNA要有一系列稀释的竞争模板来标定,而是只要作3个定量(与102,104,106cop竞争模板混合)反应就可最终定出待测DNA模板的拷贝数. 用该方法分别对12份HBeAg阳性和12份HBeAb阳性血清进行定量分析,结果前12份血清均可检测到HBV DNA,并且血清浓度为6×107~1×1011cop/L. 而后12份只检出7份HBV DNA阳性,其在血清中的含量在2×105~3×108 cop/L之间,还有5份血清用该PCR方法未检出HBV DNA. 以上定量结果与文献报道的相近[3]. 上述结果也说明了为什么用简便的处理血清方法进行PCR扩增时,HBeAb阳性血清大部分往往检测不到HBV DNA的原因. 因为一般抗HBeAb阳性血清中HBV DNA含量较低(在3×108 cop/L以下),而简便血清处理方法最多只取相当于2μL血清中的HBV DNA作PCR扩增,按上面结果计算只含有0.4~6×102 cop. 因此就有一大部分不能被检测出来.
  总之,该方法操作简便,结果准确,可用于临床定量检测各种病原体的DNA.

 

作者简介:郭晏海,男,1964-12-30生,河南省封丘人,汉族. 1989年西安医科大学本科毕业,1995年西安医科大学硕士,讲师,主要从事肝炎病毒基因诊断研究,发表论文18篇.

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