| Mg2 浓度。浓度过高，使反应特异性降低；浓度过低，使产物产量减少。PCR反应中Mg2 的加入量要比dNTP浓度高0.5-2.5mmol/L。最好对每种PCR反应体系Mg2 量的优化。另外，还需注意引物和模板DNA原液中是否含EDTA等螯合剂影响游离Mg2 的浓度。
4．三磷酸脱氧核苷酸（dNTP）
PCR反应中每种dNTP的终浓度为50-200μmol/L，在此范围内，扩增产物量、特异性与合成忠实性这间的平衡最佳，dNTP浓度过低必然影响扩增产量，过高则会导致错误掺入，其浓度不能低于10-15μmol/L。由于dNTP的量还受其他因素的影响，所以不同反应体系中dNTP的最佳浓度不尽相同。
5、TapDNA聚合酶
在其他参数最佳时，每100μl反应液中含1-2.5u Taq DNa酶。然而酶的需要量可以根据不同的模板分子或引物而变化，当优化一种PCR反应体系时，最好在每100μl体积中加入0.5-5u酶的范围内试验最佳酶浓度。如酶浓度太高，会出现非特异性扩增，而过低时，则扩增产量太低。另外不同来源的Taq DNA酶、测定条件和单位定义的不同、生产厂家产品品质的优劣，这些都是使用Taq酶时需要考虑的因素。
6．温度循环参数
变性温度通常为94℃左右，主要取决于扩增片段的长度和（G C）的比例，达不到变性温度致使变性不完全，是导致PCR失败的常见原因。变性时间一般为30-60秒，时间太长不但没有必要反而会因降低酶的活性而影响产量和反应特异性。常用PCR一般为20-40个周期，随着周期次数增加TaqDNA聚合酶活性降低，聚合时间延长，引物或单核苷酸减少等原因，会造成反应后期容易发生错误碱基掺入。所以在满足产物得率的前提下，应尽量减少周期次数。
7．石蜡油
加入石蜡油的目的是防止反应液蒸发，以免造成反应体积和成分的改变，特别是当反应体积小或反应条件严格时更应注意。反应中加入的石蜡油必须是高质量的，无菌的，不能含有抑制PCR反应中各种试剂活性的污染物，加入的体积要求不太严格，应以盖住反应液液面为度。
8．平台效应
“平台效应”是指PCR后期循环产物累积趋于饱和，使原来以指数增长的速率变成平坦的曲线，同时出现非特异产物的大量增加的现象。下列因素可能与平台效应有关：
（1）dNTP或引物的消耗量。
（2）反应物的稳定度（dNTP或酶）
（3）最终产物的阻化作用（焦磷酸盐、双链DNA）。
（4）非特异产物或引物二聚体与反应物的竞争。
（5）产物在高浓度时变性不完全，影响引物的延伸。
（6）酶与PCR产物的结合，使酶分子减少。
合理的PCR循环参数，能最大限度地避免这些因素对产物扩增的影响。
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