PCR条件的优化是一个麻烦耗时的过程，涉及到温度、时间、镁离子、引物、dNTP、Taq酶、模板等多个因素的调整。一般来说利用热启动，比如Platinum Taq DNA聚合酶（Invitrogen）可以达到更高的特异性，降低对镁离子浓度的依赖，并且有利于提高“问题模板”的产量。然而，传统的PCR条件优化策略经常对含有稳定二级结构的DNA序列无效，因为这些序列难以变性，并且在退火过程中影响引物与模板的结合，还可能影响到DNA聚合酶的延伸。
作为一种新的PCR添加成分，PCRx Enhancer Solution（Invitrogen）有助于扩增GC丰富序列，解决由于模板问题而造成的PCR扩增困难。该系统可以提高引物结合的特异性和Taq酶的热稳定性，并且便于镁离子浓度和退火温度的优化选择。译者曾经扩增一段GC比70%的序列，可能还有二级结构，用了多个厂家的DNA聚合酶均扩不出条带，改用Platinum Taq DNA聚合酶后，当PCRx Enhancer Solution添加到浓度为3×时得到了很漂亮的结果。
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