针对当下沸沸扬扬的“华南虎事件”，中科院院士何祚庥接受《法制日报》采访时表示，“‘华南虎事件’是如何落实‘科学执政’理念的典型一案。”
中共十七大报告提出了三种执政理念：科学执政、民主执政、依法执政。科学执政的概念被放在了首位。何祚庥说，科学执政就是要求政府部门在执政过程中，贯彻科学的思想、科学的制度和科学的方式。
即使照片是真，就说存在野生华南虎；或者即使有很多间接证据证明，曾有人看到过华南虎身影，但因为缺乏直接证据，“这也不能说是科学的思想，因此也不是科学的方法”。
“在现有的证据下，陕西省林业厅作为政府部门去主张存在野生华南虎的观点，不仅不能让人信服，还有失作为政府部门的公允，使政府公信力大大降低。这也不是科学的态度。”
“因此，就‘华南虎事件’而言，陕西省有关部门并没有真正落实好‘科学执政’。”
2007年10月3日，周正龙在镇坪县神州湾拍摄了71张野生华南虎照片，包括40张数码照片和31张胶卷负片。随后，陕西省林业厅组织专家对照片真伪进行了鉴定，最终鉴定结论为：照片是真。据此，陕西省林业厅对外公开宣布，野生华南虎在陕西境内仍存在活体。何祚庥并没有否认这一结论。但他表示，“照片是真”与“确存野生华南虎”之间，没有必然的因果关系，“是有关部门有意的误读”。因为有关专家所言“照片是真”，并不意味着“照片上的老虎也是真的”，“这些专家也并没有承认确有野生华南虎。”“当然这和参与鉴定专家的暧昧态度有关，他们只说了半句话。”
他分析认为，最近的所谓民间鉴定的结论是“照片上的老虎为‘平面虎’”，“也就是说，照片可以是真的，但老虎是假的”。根据目前整个事件的有关进展情况，何祚庥说：“我判断这起事件，是‘周正龙真的拍摄到了假老虎’。”
但何祚庥亦说，他支持国家林业局的做法，因为照片真假已经不是关键问题，关键问题是找到野生华南虎，进而保护野生华南虎。“这才是本次事件中‘科学执政’的核心问题。”
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