动植物样品的采集及DNA样品的提取
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动植物样品的采集及DNA样品的提取

点击:   作者:   来源:  时间: 2007-03-06  本站论坛

白细胞层用ACK 溶解(0.15mol/dm 氯化铵、0.01mol/dm 碳酸氢钾、0.lmol/dm NaEDTA),直到变成澄清的红色(约 5 分钟)。在 500r/min 离心 5 分钟后,小心吸去 ACK 和红细胞碎片,剩下的白细胞会重新悬浮于 ACK 中。2 分钟后,细胞成团沉淀,此时再用 PBS 洗。如果沉淀物仍为红色,则将整个过程重复一次,而后将其冻存。白细胞(酶的最好来源)也可以通过将等分血样铺展于20%的Ficoll、4.5%Na EDTA中的方法,使其沉降(10~15 分钟),再用巴氏吸管从界面吸取白细胞,于1000r/min 离心10 分钟,而后冻存。用 Ficoll 分离的红细胞很难再复原。
有些蛋白质可以用其他方式保存的血样进行分析:①保存于5℃并在几小时内送到实验室的;②冻存的全血(未处理过);③全血或经分离的血样稀释于3 倍体积的苯甲醛中,并保存于室温下。蛋白质电泳是用于研究种群内遗传多样性或分类学差异的方法。同其他脊椎动物相比,哺乳动物血样并非是很好的酶和蛋白质的来源,有时取软组织更好。

 


 

 

7.l.2.6 用于核DNA 研究的软组织的保存
将组织切成1cm 见方的小块,包起来冻存。或将其放入几倍体积的80%乙醇(分析
纯)中,于4℃下存放。两种方法中以前一种方法更好。
7.l.2.7 用于核DNA 研究的血样的保存保存血样可用占血样体积0.01 倍的15% KEDTA 作为抗凝剂,并且最好能够加入0.05倍的蛋白酶K(0.1%,核酸级,Boehringer Mannheim 冰冻保存,用新解冻的),充分混合后迅速冻存。血与EDTA 混合液可在室温下放置几天,但DNA 的质量不会太好。
DNA 技术可以分析几乎所有组织样品基因组的任何一部分,从而能够克服用蛋白质研 究变异及分类学时出现的有关问题。
7.1.2.8 用于制备DNA 的毛发及精子样品的保存
虽然以前从干燥或用福尔马林固定的毛发及精子样品中提取过DNA,但最可靠的保存方法是冻存(Impraim 等 1987;Thomas 等 1990)。必须注意的一点是,尽可能地减少其他来源的DNA 对样品的污染,特别是实验者的手,因为PCR 反应对微量DNA 是很敏感的。较好的做法是仪器经烘烤(180℃过夜)或火焰消毒,其他所用的每一件东西(手套、试管、工作台面)最好用一套新的、经γ射线消毒处理的商业化产品。精子样品也可以用来作常规的遗传分析,如不需要人工控制交配就可进行连锁研究(Li 等1988)。当然,精子样品还可用于人工授精,这在圈养动物的遗传管理上是很重要的。
7.1.2.9 用于提取线粒体DNA 的软组织及血样的保存
最好将样品在4℃下保存,并尽快送到实验室。血样贮存于有葡萄糖柠檬酸包被的真空管中时,可以冻存几年(最好在液氮中),但解冻后只能在室温下保存几天时间。线粒体DNA 的分析对研究物种在地理分布上的变异及构建谱系尤其有用。
7.1.2.10 用于提供RNA 的软组织的保存
RNA 会在极短的时间内被破坏,因此必须在动物死亡或活检后1~2 分钟内迅速将其切成1cm 的小块,并放人液氮中冻存。
RNA 可用于 DNA 文库的构建,它能为遗传学家提供探针,用于个体总DNA 中单个活性基因的分析。虽然来源于其他动物的探针也能用,但用同种的探针效果最好。
7.2 动物组织DNA 样品的提取
目前提取高分子量的DNA 的方法已有很多,我们在这一部分中除了介绍常规的DNA提取方法外,还将着重讨论由微量样品(如毛发)和陈旧古老样品提取DNA 的一些新方法。
7.2.l 提取动物总DNA 的常规方法
从动物组织中提取DNA 的常规步骤如下:

(1)取动物组织100mg 左右于样品管中,用干净的剪刀将组织块剪碎。
(2)在样品管中加入如下试剂:
500μl STE 溶液
25 μl 蛋白酶 K(Proteinase K,10 mg/ml)
75μl 10% SDS
(3)混匀后置56℃下消化2 小时以上(隔一定时间混匀一次)。
(4)加人等体积的饱和酚溶液,轻轻颠倒混合5 分钟以上(用于rDNA 和RAPD 分析的样品需抽提24 小时)。
(5)7 000r/min 离心5 分钟。
(6)小心将上层清液移至另一干净的离心管中,加入等体积的苯酚及氯仿,并重复步骤(4)和(5)的抽提过程。
(7)以等体积的氯仿(内含1/25 体积的异戊醇)重复步骤(4)和(5)的抽提过程。
(8)在上清液中加入 1/10 体积的 3mol/dm3NaAc 或 5mol/dmNHAc、2 倍体积的冷无水乙醇或1 倍体积的异丙醇,以沉淀DNA。
(9)置—70℃下沉淀2 小时或置—20℃下沉淀过夜。
(10)7 000r/min 离心10 分钟,再以 70%冷乙醇洗涤DNA 沉淀一次。将沉淀置真空干燥器或37℃温箱中干燥。
(11)以适量的TE 溶液(200~500μl)溶解DNA 样品。
(12)以分光光度计测定DNA 的浓度(260nm),260/280nm 的光密度比值应在 1.8 以上,否则提示可能有蛋白质或苯酚的污染。
(13)以TE 溶液将DNA 样品稀释成所需的工作液的浓度。
(14)取2μl 左右的样品进行电泳检测,以判断 DNA 是否有降解以及是否需要消除RNA。

 


 


7.2.2 微量动物组织样品的总DNA 提取方法
从微量组织中提取DNA 的方法是1989 年由Singer-Sam(Walsh 等1991)发展起来的。此方法的基本原理是采用 BioRad Chelex 100(一种螯合剂)提取DNA。此方法简便、快速,提取后的DNA 样品可以直接作为PCR 的模板。具体的操作步骤如下:
(1)取一小块冰冻的组织(少于1mg,可用经消毒的枪头钻取),或1~3 根带有毛根的毛发(需先经 90%、70%的乙醇和灭菌水依次清洗,并剪去毛干部分),或 1~5μl 血液,加入经过高温消毒的离心管中。离心管内事先加入 500μl 5%的Chelex 溶液。
(2)将样品管在56℃下放置1 小时或更长时间,直至组织样品成粉末状(不同组织所需时间各不相同)。
(3)在振荡器上振荡10~15 秒钟。
(4)在 95~100℃下煮 15~40 分钟。
(5)在振荡器上振荡10~15 秒钟。
(6)将样品管在4℃下保存,进行PCR 反应之前再次离心,使Chelex 颗粒沉淀。取上清液(1~10μl)作为DNA 模板。

 

7.2.3 陈旧、古老DNA 样品的提取方法
对于陈旧、古老DNA 的研究始于80 年代中期。1985 年,Paabo 采用克隆的手段首次从古
埃及木乃伊中提取并测定了一段DNA 序列。然而,较为广泛地开展对古老DNA 的研究是在多

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